Instale o outro disco rígido e instale o Windows como faria normalmente. Então você pode trocá-los sem nenhum problema.
Uma coisa que você pode ver é que o relógio interno do sistema estará incorreto quando você voltar ao Windows, porque o Linux usa o GMT enquanto o Windows usa seu fuso horário local. O Windows pode atualizar automaticamente o relógio quando estiver on-line, mas é algo que você terá que procurar. Aqui está uma edição do registro que você pode fazer no Windows para corrigir isso.