Verifique se você está realmente usando o JDK. Você pode fazer isso tornando-se root ou usando o sudo para verificar o programa "alternativas". Por padrão, o Fedora usa o gcj. Você pode dizer para usar o JDK configurando corretamente suas alternativas.
[root@localhost ~]# alternatives --config java
There are 3 programs which provide 'java'.
Selection Command
-----------------------------------------------
* 1 /usr/lib/jvm/jre-1.4.2-gcj/bin/java
2 /usr/java/jdk1.6.0/bin/java
Enter to keep the current selection[+], or type selection number: 2
[root@localhost ~]#
Você pode ter que dizer às alternativas que existe outra versão do java. As instruções estão bem definidas na man page de alternativas. Você precisará fazer algo semelhante para jar e javac. Certifique-se de que o caminho seja adequado à sua instalação do JDK.
Atualizado em 27/08/09 Parece que este é um problema bem conhecido com o Java & Fedora 8.
Não há como instalar o Netbeans no Fedora 8
Aqui está a solução alternativa da lista de discussão do netbeans ...