Pode ser que sua placa-mãe esteja configurada para dispositivos POST IDE primeiro - assim, Chameleon reconhece seu disco rígido IDE como o primeiro dispositivo.
Não tem nada a ver com a ordem de inicialização, mas mais em termos da sequência em que seu BIOS reporta discos rígidos, por exemplo, disk01, disk02, etc.
Eu sugiro que você encontre uma maneira de editar os arquivos de preferência de inicialização do Chameleon para inicializar a partir do próprio disco SATA. Essa é outra questão, a propósito. :)