Primeiro, por segurança, desative o autorun - aqui estão as instruções, se você estiver usando o Windows.
support.microsoft.com/kb/967715
Agora, o problema que você está enfrentando também pode ser causado por mau funcionamento do disco rígido. Procure por setores defeituosos - você pode fazer isso clicando com o botão direito no disco no Explorer e selecionando
Propriedades - > Ferramentas - > Verificação de erros - > Verificar agora - > Procurar e tentar recuperar setores defeituosos - > Comece.
Se isso não ajudar, tente verificar se há vírus. Faça o download do Avira AntiVir ou do AVG e faça uma verificação do disco rígido. Eu prefiro a Avira, pois na minha experiência pessoal eu a vi pegando um vírus que a AVG perdeu.