Sugiro que você use um organizador de arquivos automatizado para essa finalidade. Se você estiver usando o Windows, você pode verificar Belvedere , se no Mac, então Hazel . Se no Linux, tente tarefas agendadas com um bom script.
Configure as regras para que o Belvedere ou o Hazel monitorem uma única pasta de download e, a qualquer momento, quando um arquivo for inserido, ele será movido para a pasta do dia.
Seu objetivo é fazer o segundo problema de esquecer de alterar os diretórios de download inexistentes mesmo. Em suma, você deve não estar mudando os diretórios de download, permitindo que a automação cuide da classificação dos arquivos para você.