Aparentemente, é o Pidgin, por meu comentário. Você pode alterar as configurações de notificação para não alterar as alterações de status.
Não tenho ideia de como encontrar informações sobre isso. Estou correndo redhat 5 com um gnome destkop. Periodicamente, ouço sinos, três tons, ascendentes ou descendentes, em intervalos aleatórios. Costumava ser uma ou duas vezes por hora, mas tornou-se mais frequente. Alguém tem alguma idéia do que pode causar isso?