A instalação por meio de uma VM pode funcionar, mas parece uma etapa estranha. E sim, pode haver problemas.
Você pode encontrar problemas com a EFI se ela for usada. ou com o controlador de disco não sendo reconhecido. A VM não terá drivers para o hardware real.
Na minha opinião, fazer isso por meio de uma VM apenas adiciona mais trabalho, possíveis problemas e não vejo nenhum benefício.
Se você tem uma porta SATA sobressalente na sua placa-mãe, basta conectar a unidade a ela e instalar a partir daí. Esse é um método muito mais fácil. O Tgis pode permitir que você inicialize e acesse todas as unidades. Você pode então fazer o que quiser com a unidade original. Tal como deixá-lo e reutilizá-lo, ou removê-lo.