O VLC aparentemente assume essas chaves e destrói sua associação conforme usado pelo Controle multimídia da Hama.
Uma possível solução pode ser desassociar o VLC do seu ambiente principal do Windows.
Isso pode ser feito usando Sandboxie para executar o VLC isolado dentro de uma sandbox virtual para que ele não possa alterar nenhuma configuração no Windows, apenas suas próprias configurações em seu próprio virtual "Windows".