fusermount -u ~/plaintext afeta apenas ~/plaintext/ . Ver arquivos criptografados (ou seja, arquivos com nomes e conteúdo "estranhos") em ~/secret/ antes ou depois de fusermount -u ser normal.
Agora, se você deseja obter acesso aos arquivos simples novamente, execute encfs ~/secret ~/plaintext novamente. Lembre-se de que encfs funciona no nível do arquivo. A ferramenta precisa "ver" arquivos criptografados para descriptografá-los, então eles aguardam que encfs trabalhe neles novamente.
No entanto, se ~/secret também for um ponto de montagem (por exemplo, seu disco externo estiver montado lá), provavelmente ele não estará montado com encfs (ou pelo menos não deveria ser). Desmontando-o, se é isso que você quer, não é o trabalho para encfs .