Você pode usar o Powershell para tarefas como essa.
Get-Item .\*.pdf | Rename-Item -NewName { $($_.BaseName -replace "\D+","") + $_.Extension }
O comando Get-Item .\*.pdf recebe tudo Arquivos PDF no diretório atual e passa-os um a um para o Rename-Item (não é necessário um loop Foreach).
Em $_.BaseName -replace "\D+","" , usamos uma regex simples para remover todos os caracteres não numéricos ( \D+ ) do nome do arquivo mas não da extensão. A saída do bloco de código {...} é a entrada do parâmetro -NewName .