Eu tenho que dar certo, o problema parece ser uma condição de corrida.
Primeiro eu corri
systemctl --user mask gnome-keyring-ssh e manteve a alteração de gnome-keyring-ssh.desktop para desativar completamente o serviço SSH do Gnome Keyring.
Apenas mascarar o serviço não foi suficiente.
Em segundo lugar, criei um arquivo de serviço sobrescrito via %código% contendo as seguintes configurações:
[Service]
Type=forking
Por fim, editei systemctl --user edit ssh-agent e substitui /usr/lib/openssh/agent-launch por exec ssh-agent -D -a $S .
Tentei definir o tipo de serviço como ssh-agent -a $S , notify a NotifyAccess e executando all antes de executar systemd-notify --ready , mas por algum motivo ssh-agent não recebeu a notificação e teve um tempo limite do systemd .