Instale o x264:
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git clone http://git.videolan.org/git/x264.git
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cd x264
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sudo ./configure --enable-shared --disable-asm
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sudo make && sudo make install
Crie o FFmpeg novamente. Por exemplo, para mim o comando é:
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sudo ./configure --disable-yasm --enable-libx264 --enable-swscale --enable-avresample --enable-gpl --enable-shared
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sudo make && make install
Se você usar o OpenCV, deverá criá-lo novamente.