Tente adicionar
WinWaitActive, lexicon - Notepad
depois
Winactivate, lexicon - Notepad
Tente também substituir
winactivate, chrome
com
winactivate, ahk_exe chrome.exe
A maneira mais simples de escrever texto em um arquivo é usar FileAppend :
#s::
clipboard = ; empty anything in the clipboard
Send ^c ; copies highlighted term
ClipWait, 0.5
FileAppend, %clipboard%%A_Tab%, C:\lexicon.txt
Return
#t::
clipboard = ; empty anything in the clipboard
Send ^c ; copies highlighted term
ClipWait, 0.5
FileAppend, %clipboard%'n, C:\lexicon.txt
; Run C:\lexicon.txt
Return