Você pode usar a seguinte chave do Registro em um arquivo em lotes:
reg add "HKEY_LOCAL_MACHINE\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run" /v Dropbox /t REG_SZ /d [PathToDropboxExe] /f
Basta criar um arquivo em lote com esse comando e executá-lo. Isso deve adicionar o arquivo para inicialização para todos os usuários. Se você quiser que ele seja executado apenas para o usuário atual, substitua HKEY_LOCAL_MACHINE
por HKEY_CURRENT_USER
.