Você sempre manterá o Python v2 (o comando python e os pacotes python- ) juntamente com o Python v3 (o comando python3 e os pacotes python3-* ). Existem muitas coisas no seu sistema que foram escritas para a V2 e não funcionam com a V3, então você não pode se livrar da V2 (mas nada força você a usar a V2 para seus próprios scripts).