O filtro stereo3d é projetado para atuar em um único fluxo de vídeo, onde sequências para ambos os olhos já estão presentes e intercaladas de alguma maneira - o filtro então altera o esquema de disposição. O que você tem aqui são dois fluxos separados que precisam ser combinados.
Assumir ambas as sequências tem as mesmas propriedades de vídeo (resolução, duração ..), use
ffmpeg -framerate 60 -i "image_%05d_L.jpg" -framerate 60 -i "image_%05d_R.jpg" -filter_complex "hstack,format=yuv420p" -c:v libx264 -crf 15 -preset veryslow vid.mp4