O sistema de arquivos NTFS não afetará significativamente a velocidade de transferência, mas não é ideal, pois é proprietário e o suporte ao Linux, embora presente, é limitado e não tão bom. Você ficaria melhor com um FS Centrado no Linux - e isso dará uma melhor integridade e menos problemas de casos / permanência de borda - então sim, reformate o HDD.