Infelizmente, o Windows Explorer não possui um mecanismo para recuperar de onde você parou.
Embora não o ajude agora, eu recomendo dar uma olhada no Robocopy incluído no Windows ou TeraCopy para uma ferramenta gráfica livre.
Eu pessoalmente uso o Windows Explorer todos os dias, mas, quando eu tenho que transferir através de links de alta latência / baixa largura de banda, eu costumo usar o Robocopy na linha de comando.