Para o menu Iniciar, ele está localizado em Visual Studio 2015 - > Visual Studio Tools -> Windows Desktop Command Prompts -> VS2015 x64 Native Tools Command Prompt
.
No entanto, o atalho atual é %comspec% /k ""C:\Program Files (x86)\Microsoft Visual Studio 14.0\VC\vcvarsall.bat"" amd64
(pelo menos na minha configuração).