Crie um script de shell executável:
#!/bin/bash
for dotfile ; do
path=${dotfile%/.*}
name=${dotfile##*/.}
if [[ -f $path/$name ]] ; then
rm "$dotfile"
fi
done
Em seguida, execute a partir do topo do diretório que você deseja limpar:
find -name '.*' -exec rm-dotfiles.sh {} +
Onde rm-dotfiles.sh
é o nome do script.