Você precisa encadear os filtros juntos.
ffmpeg -i in.mp4 -vf crop=w:h:x:y,scale=-2:720 -c:a copy out.mp4
Implementei para remover pensionistas pretos (crop) em um vídeo que tenho em 1080p e codificá-lo para 720p ao mesmo tempo usando ffmpeg, mas estou tendo problemas para encontrar os filtros e comandos corretos para ele.
Qualquer um que possa ajudar?