Acho que você deseja um programa como fslint
, fdupes
, duff
, rdfind
para localizar duplicatas e liberar o espaço em disco duplicado com links.
Você pode pegar a lista de duplicatas de um desses utilitários e criar seus próprios links & arquivos rm'ing, ou ...
rdfind
tem essa opção que parece exatamente o que você está procurando:
-makehardlinks true|false
Replace duplicate files with hard links
E definitivamente tenha um bom backup primeiro, e procure por opções "dry run / simulate" (como "rdfind's" -n -dryrun ")