Sua sub-rede parece bem, se você realmente usa uma máscara de 255.255.252.0, isso é suficiente para falar com hosts em 172.16.3.X também, sem precisar de roteamento entre eles.
Você diz que verificou as máscaras de sub-rede no quadro, mas acho que você deve ter perdido alguma coisa. Talvez na porta do roteador que seu servidor ftp está conectado?
Se você deixar tudo como está quando tiver o problema e substituir o roteador por um comutador de camada 2, o problema persistirá?