Para retornar a todos os padrões e recuperar seu Desktop, execute o seguinte comando single em uma janela do Terminal e, em seguida, reinicialize:
xdg-user-dirs-update --set DESKTOP "$HOME/Desktop" && \
xdg-user-dirs-update --set DOWNLOAD "$HOME/Downloads" && \
xdg-user-dirs-update --set TEMPLATES "$HOME/Templates" && \
xdg-user-dirs-update --set PUBLICSHARE "$HOME/Public" && \
xdg-user-dirs-update --set DOCUMENTS "$HOME/Documents" && \
xdg-user-dirs-update --set MUSIC "$HOME/Music" && \
xdg-user-dirs-update --set PICTURES "$HOME/Pictures" && \
xdg-user-dirs-update --set VIDEOS "$HOME/Videos"
Se você quiser eliminar alguns deles, pode fazê-lo de forma criteriosa usando o xdg-user-dirs-update
como detalhado acima ...