Neste contexto, a criptografia não fará nada para proteger seus arquivos. você precisa de backups regulares.
Se um volume TrueCrypt estiver montado no momento em que o malware é executado e o usuário no qual o malware está sendo executado tiver privilégios de gravação no volume, o malware poderá danificar os arquivos como se eles não estivessem criptografados. Mesmo se desmontado, o malware pode danificar um arquivo .tc de volume ou até executar operações no disco na partição ou no nível bruto.
O que a criptografia ajuda em termos de malware é a exfiltração de dados. Se o malware quiser roubar seus dados, a criptografia ajudará, mas tenha em mente que, se o volume estiver montado, o malware poderá lê-lo, mesmo se estiver criptografado em repouso.
Outra maneira de criptografia ser usada no campo de segurança é isolar e conter amostras de malware ao realizar pesquisas. A criptografia do arquivo ajuda a garantir que ele não possa ser executado acidentalmente. Não é realmente algo que as pessoas normais fazem, mas vale a pena notar.