Seu comando, se mostrado corretamente, tem sua sintaxe errada.
...-vf -r 29.97...
< - isso está definindo o sinalizador de taxa de quadros como o argumento para a opção de filtro de vídeo. 29.97
é interpretado como o nome do arquivo de saída.
A outra coisa é que a imagem seqeunce está sendo interpretada como 25 fps (por padrão) e, assim, mesmo que seu comando funcionasse, sua saída teria quadros duplicados e seria 16% mais lenta.
Em vez disso, defina a entrada como 29.97 ou 30000/1001 para ser exato,
ffmpeg -framerate 30000/1001 -i /INPUT/FILE/SEQUENCE_%04d.jpg -c:v prores -profile:v 0 -c:a mp2 -timecode 09:08:52:00 /OUTPUT/FILE.mov