Seus discos de dados (não-RAID) estarão bem, a perda de dados não deve acontecer.
O modo AHCI vs RAID vs IDE / Legacy não tem relevância para o conteúdo do disco. O disco deve reportar a mesma capacidade, esquema de numeração de blocos, etc. ao BIOS e ao SO. A única diferença está no tipo de dispositivo (e recursos) do controlador de disco que o BIOS apresentará ao sistema operacional.
Fiz dezenas de conversões desse tipo (perdi a conta, poderia ter mais de 100). Nunca vi nenhum problema.