Bem, todo o sentido da assinatura de chaves (também conhecida como "certificação") é que você atesta a ligação entre a chave e a identidade reivindicada.
Portanto, pode haver situações em que você possa ter certeza sobre o e-mail pessoal de alguém, mas não sobre o e-mail de trabalho dele. Alternativamente, você pode querer certificar seu apelido ou indicativo, mas não necessariamente seu nome legal. Ou o contrário.
(Além disso: UIDs podem ser adicionados a qualquer momento mais tarde, não apenas ao criar a chave. Às vezes você pode querer assinar apenas os novos, ou apenas os antigos.)