O ImageMagick é uma ferramenta leve que pode ser usada para isso. Aqui está um exemplo que croppes todas as imagens jpg em um diretório e coloca os resultados em uma nova pasta:
cd path/to/dir/
mogrify -crop +100+10 -quality 100 -path ../cropped *.jpg
Aqui, 100 pixels da borda esquerda e 10 pixels da parte superior são removidos. Consulte aqui para obter mais informações sobre como usar o recorte.