cd
para a pasta e execute:
forfiles /M *.CR2 /C "cmd /c if not exist @fname.JPG (echo @fname.CR2)"
Se os resultados estiverem corretos, substitua echo
por del
e execute o comando modificado.
A lógica é simples: para cada arquivo .CR2
verifique se o arquivo .JPG
correspondente existe e exclua .CR2
se não.