Pode ser um pouco incômodo, mas a maneira mais fácil de fazer isso é criar um modelo para o layout que você deseja em outra janela. Em outras palavras, crie uma nova janela e divida / organize os painéis da maneira que desejar. É importante que o novo layout tenha o mesmo número de painéis que o layout antigo ou que isso não funcione.
Em seguida, use o comando list-windows e observe que cada janela tem uma string de layout especial. Pode ser algo como:
5aa6,180x47,0,0[180x23,0,0,15,180x23,0,24{135x23,0,24,16,44x23,136,24[44x11,136,24,18,44x11,136,36,19]}]
Copie essa string, vá para a janela antiga e carregue esse novo layout usando o comando select-layout . Você pode, então, colocar os painéis no local correto usando comandos regulares de movimentação de painéis.