Parece que você está se conectando primeiro ao seu servidor usando o putty e, em seguida, executando o comando rsync. Nesse caso você está executando o comando do seu servidor, ie. o diretório de origem é em seu servidor e destino também é seu servidor.
Na verdade, o rsync não é uma ferramenta do Windows. Você pode usar uma versão em pacote do Windows: cwRsync .