Basta substituir o atalho no AHK:
#k::msgbox Hello
Ele tem precedência sobre o atalho interno do Windows. Para mim, os trabalhos acima. (Eu estou executando o AHK elevado, ou seja, como administrador.)
No Windows 10, há um atalho do Win + K para iniciar o aplicativo da barra lateral "Conectar a um dispositivo de exibição e dispositivos de áudio sem fio". Eu gostaria de remover este atalho porque eu gosto de usar o Win + K como um atalho para iniciar um aplicativo usando um script AutoHotKey que eu uso em vários computadores.