Você observou o uso do campo PRINT no Word para adicionar códigos de pdfmark?
Você pode incluir campos de mesclagem dentro das instruções do pdfmark.
Supondo que você "Mesclar ao Adobe PDF", no Word 2010 e no Acrobat XI Pro, esses códigos de campo de exemplo na captura de tela abaixo adicionaram uma nota ou uma caixa de comentários abertos. Presumivelmente técnica semelhante funcionaria para outros tipos de anotação?