As únicas diferenças que consigo pensar são
1) As permissões serão definidas (padrão) para a localização real. Por exemplo, se o diretório target / source estiver localizado em C: \, o próprio diretório e seu conteúdo terão as permissões de qualquer diretório na raiz da segurança reforçada da unidade. < - Eu acho ..
2) No File Explorer (e na maioria das ferramentas de gerenciamento de arquivos eu conheço, como o Total Commander), se você excluir a junção, somente a junção (ponto de nova análise) será excluída - não os arquivos contidos nela. Enquanto você exclui o destino / fonte da junção, todo o diretório e tudo o que ele contém são excluídos. < - Eu sei ..:)
Se isso faz alguma diferença, e talvez um terceiro ponto, eu sempre mantenho os diretórios "reais" no meu diretório de usuários e crie junções que apontam para aqueles de outros locais, como C: \ Bin - > C: \ Users \ Me \ Bin. Eu faço isso para facilitar o backup de todos os meus dados, porque sei que tudo de importante é sempre no meu diretório de usuários.