Você pode criar um novo charme mysql com uma nova interface que pode alocar dbs dinamicamente quando solicitado e usá-lo a partir do seu charme do django, ou implantar os projetos como serviços individuais.
Efetivamente, a nova interface para o mysql teria os ganchos alocando novos dbs conforme solicitado pelo serviço de conexão, em vez de criá-los quando o novo serviço estiver relacionado / conectado ao mysql.
Outra alternativa, corrija seus projetos de django para usar prefixos de tabela, o que eu achei que eles já tinham feito (ou talvez a tabela de aplicativos prefixando o projeto).
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A melhor solução pode ser apenas usar uma relação de interface admin, que lhe dá o usuário root no mysql e então você pode criar dbs adicionais conforme necessário (apontado para mim no irc by clint) para todos os projetos de django instalados.