Do jeito que eu vejo, você realmente tem algumas opções diferentes, dependendo da sua preferência pessoal.
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Você pode obter uma nova unidade, instalar uma versão limpa do Windows (e Linux) nela e depois ter sua unidade em estado morto como um disco secundário para copiar dados em seu próprio tempo.
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Você pode fazer um clone completo do seu disco do disco antigo para o novo disco usando uma ferramenta como o Macrium Reflect, o Clonezilla ou outras ferramentas semelhantes. Eu usei Macrium no passado e tem um período de teste gratuito que pode ajudá-lo a copiar um estágio de disco.
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Você pode fazer uma mistura das opções acima, instalando o Windows de forma limpa e clonando a partição de dados do disco antiga em uma partição diferente no novo disco.
Se você optar por qualquer uma das opções, precisará ter muito cuidado com o disco em que instala o Windows e com o qual você clona.
Pessoalmente, prefiro a opção 1, pois você pode simplesmente desconectar o disco antigo enquanto instala o Windows e reconectá-lo (em um número de slot SATA acima da nova unidade) e copiar os dados em tempo lento.
Se você optar por uma instalação limpa, também não precisará de um CD do Windows, pois basta fazer o download do instalador da Microsoft e gravá-lo em um dispositivo USB usando a ferramenta "Criação de mídia". Ao instalar você só precisa "pular" a entrada de uma chave de produto e deve recuperar o seu direito digital para essa máquina a partir da Internet. Faça o download do Windows 10