Se você está apenas mudando a CPU, você só precisa aplicar uma nova pasta. Se você alterar outros componentes, como CPU e placa-mãe, precisará verificar sempre que for compatível para montar seu cooler nesse tipo de placa com o tipo específico de CPU.
Quanto ao armazenamento a longo prazo ... é improvável que você o use novamente se precisar armazená-lo por um longo período, então é melhor tentar vendê-lo. Mas você pode armazená-lo, é claro. De preferência, você usaria a embalagem original, caso contrário, certifique-se de não dobrar demais os tubos e de que não haja tensão desnecessária em nenhuma das partes.