Seu tema atual não é armazenado em um arquivo de configuração per se . É uma configuração gerenciada com o dconf, que você pode aprender mais no página de documentação do GNOME sobre o assunto .
A configuração exata é /org/gnome/desktop/interface/gtk-theme para o GNOME e Unity e /org/mate/desktop/interface/gtk-theme para o MATE. Você pode usar o dconf-editor para ver configurações como essas. Ele mostrará o valor atual e o valor padrão do sistema.
Você também pode usar a ferramenta de linha de comando dconf. dconf read /org/gnome/desktop/interface/gtk-theme mostrará o valor atual.
Os temas do sistema são armazenados em /usr/share/themes/ . Este é o equivalente em todo o sistema do seu diretório ~/.themes/ . O diretório correspondente ao nome do valor da sua configuração do dconf é seu tema atual do gtk.