But now I discovered that windows cannot write to the partition anymore because it sees it as read-only, Linux is still okay with it for writing.
Isso acontece no Windows quando o sistema de arquivos UDF está em estado inconsistente ou danificado. Tente executar o chkdsk.exe e veja se ele reporta alguns problemas. O chkdsk.exe do Windows suporta a verificação de erros também no sistema de arquivos UDF. Se realmente houver erros, você pode tentar corrigi-los especificando o parâmetro / F ... mas me disseram que o chkdsk.exe / F, em alguns casos, ao tentar reparar o UDF corrompido, o danifica ainda mais.