O WAR contém, na verdade, o nome do arquivo codificado em UTF-8. No entanto, o sinalizador que diz isso (bit # 11 dos sinalizadores de finalidade geral) é indefinido, mas isso é possível, pois o comando JAR usa outra variante de codificação de nome (esse é o caso do comando JAR que tenho).
Portanto, a verdadeira resposta é: não use um comando ZIP normal para descompactar, mas use o próprio comando JAR:
jar -xvf api.war
Rendimentos:
created: WEB-INF/
created: WEB-INF/classes/
created: WEB-INF/classes/sample-data/
created: WEB-INF/classes/sample-data/decisions/
created: WEB-INF/classes/sample-data/decisions/novobudivy_refs/
inflated: WEB-INF/classes/sample-data/decisions/novobudivy_refs/13я-стац_я-великого-фонтану-1496338558663.xml