A ordem de suas conexões físicas não importa realmente porque o dispositivo de inicialização está selecionado no BIOS. Se você tiver duas unidades fisicamente separadas, poderá escolher qual bootloader usar.
Se você apontar seu BIOS para o SSD do Linux, precisará adicionar o Windows ao menu GRUB, se quiser poder selecionar o sistema operacional Windows sem alterar o BIOS.
Se você apontar o BIOS para o HDD do Windows, precisará adicionar a instalação do Linux ao seu Windows Boot Loader:
Você pode fazer essas duas opções e, em seguida, se o computador inicializar, você verá um menu para selecionar o sistema operacional.