Dado que você tem acesso FTP como root, provavelmente é possível. É impossível fornecer detalhes sem saber exatamente como seu servidor está configurado, mas o procedimento básico é o seguinte:
- Escreva um script de shell que fará as alterações desejadas.
- Faça o FTP para o seu servidor e carregue o script em algum lugar onde ele será executado como root. As opções que usei no passado incluíram scripts de inicialização e
/etc/cron.hourly/
. - Se necessário, faça algo para acionar o script que você enviou.
- Se necessário, reinicialize o servidor ou faça com que suas alterações sejam aplicadas.