Não há como dizer se isso consertará o problema, mas você pode tentar este script.
; Always run your script as admin
if not A_IsAdmin
{
Run *RunAs "%A_ScriptFullPath%" ; Requires v1.0.92.01+
ExitApp
}
#SingleInstance, Force
#NoEnv
SetBatchLines, -1
SetKeyDelay, 50
;There's a command for disabling CapsLock permanently
SetCapsLockState, AlwaysOff
return
$#a::^c
$#s::^v
$#z::PrintScreen
$#q::SendEvent, ^!v!v{Enter}
$#x::
Send ^!/
Sleep, 1000
WinWaitNotActive, ahk_class EVERYTHING
WinClose, ahk_class EVERYTHING
return
$~^Del::SendEvent, +{space}^-{Left}
Testei todos os rempas (exceto win + x) e eles parecem estar funcionando bem. Eu não consegui duplicar o problema do modificador que você está tendo.
Deixe-me saber se isso resolveu o problema. Se não, podemos tentar ajustar o fogo.