De man synaptic :
OPTIONS
Synaptic accepts all of the standard Gtk+ toolkit command line options as well as the following:
-f, --filter-file=filename
specify an alternative filter settings file
-i, --initial-filter=int
apply the filter with number int at startup
-o, --option=option
set an internal option (experts only)
Para abrir o synaptic com um filtro personalizado específico selecionado no terminal, basta fazer
sudo synaptic -i=? (replace the ? with your filter)
Por exemplo, para abrir o synaptic com o filtro Broken, como na imagem abaixo, você faria
sudo synaptic -i=Broken