De man synaptic
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OPTIONS Synaptic accepts all of the standard Gtk+ toolkit command line options as well as the following: -f, --filter-file=filename specify an alternative filter settings file -i, --initial-filter=int apply the filter with number int at startup -o, --option=option set an internal option (experts only)
Para abrir o synaptic com um filtro personalizado específico selecionado no terminal, basta fazer
sudo synaptic -i=? (replace the ? with your filter)
Por exemplo, para abrir o synaptic com o filtro Broken, como na imagem abaixo, você faria
sudo synaptic -i=Broken