Eu me sinto um pouco tolo "respondendo" a minha própria pergunta quando realmente é uma questão de erro do piloto. Por outro lado, outras pessoas podem ter o mesmo problema que eu, esquecendo-se de que nós temos habilmente aliado a um comando shell comum e, em seguida, imaginando por que ele não funciona mais como anunciado. Esse problema me mordeu várias vezes.
A solução, se seus arquivos ~ / .bash_profile ou ~ / .bashrc tiverem comandos "alias" e não funcionar como esperado, é tentar chamar o programa pelo caminho explícito. No meu caso,
ipython somecommand somescript.py
aciona a expansão de alias do shell, mas
/usr/bin/ipython somecommand somescript.py
Não.