A execução de um backup durante uma atualização não é recomendada. Um caso típico quando você precisa de seu backup é o caso quando uma atualização é quebrada. Portanto, eu recomendo fazer o backup depois que você verificar que sua atualização está OK.
No entanto, isso depende inteiramente de quais arquivos são salvos em backup. Se for / home apenas então executar uma atualização de pacote ao mesmo tempo provavelmente não causará muito dano.