Você deve definir as notas de fim a serem colocadas no final de cada seção e, em seguida, suprimir as notas finais em cada seção, além da seção após a qual você deseja que elas apareçam. Desta forma, eles serão colocados em apenas um lugar. Após esta seção, você pode criar novas seções.
Veja detalhes:
Eu preciso colocar uma bibliografia depois das minhas notas finais, mas o Word não me deixa.