Ele apagará o conteúdo do seu armazenamento na caixa virtual - assim, se o seu cliente Virtualbox estiver executando o Windows, ele irá sobrescrevê-lo. Se não, não vai. Desde que o Virtualbox esteja usando um único arquivo ou dispositivo de bloco dedicado (muito, muito provavelmente) ao contrário de um sistema de arquivos compartilhado (eu nem sei se o Virtualbox tem a capacidade de fazer isso), os únicos dados que serão afetados são que dentro do contêiner.