Experimente este comando:
gsettings set org.gnome.desktop.wm.preferences raise-on-click
Há uma série de ferramentas de configuração nas configurações do sistema, ferramenta de ajuste de unidade, gnome-tweak-tool e dconf-editor. Não batendo na Canonical, certamente é um problema difícil. Regra geral, se você não consegue encontrá-lo, é provavelmente enterrado em algum lugar no editor do dconf.